Het Euregio Jeugdorkest wordt geleid door een Nederlands bestuur en een Belgisch bestuur. Beide besturen hebben een eigen landelijke werking alsook een overkoepelende werking.
Stichting Euregio Jeugdorkest (Nederland)
Voorzitter: Paul Van Loon
Secretaris: René Oerlemans
Bestuurslid: Leon Timmermans
Bestuurslid: Bram Van Esch
Bestuurslid: Tijmen Bergen
Euregio Jeugdorkest vzw (België)
Voorzitter: Luk Mettens
Vice-voorzitter: Koen Casteleyn
Penningmeester: Benny Casteleyn